Początki Czarnego Dunajca sięgają roku około 1552. Datę tę, wobec zaginięcia dokumentu lokacyjnego, przyjąć można na podstawie pierwszej lustracji królewszczyzn, przeprowadzonej w 1564 r. Przeczytać w niej można, że wieś Dunaiecz Czarny, określoną jako nową, "osadził p. Prokop Pieniążek [...] ab annis 12, w której się osadziło kmieci 15". Zasadźcą Czarnego Dunajca, a zarazem pierwszym jego sołtysem, był Tomasz Miętus, który - jak zapisano w przywileju dla jego syna Jana wydanym przez króla Zygmunta Augusta w 1592 r. - "podjął niemałe prace przy wykarczowaniu i osadzeniu tejże wsi". Tomasz Miętus, wraz z synem Janem, własnym kosztem na swym gruncie wystawił pierwszy kościół czarnodunajecki. W 1605 r. wspomniany wyżej monarcha zezwolił Janowi Miętusowi scedować sołtystwo na rzecz swego syna Klemensa i wnuka Sebastiana. Klemens Miętus był jednym z głównych organizatorów oporu chłopów przeciwko bezprawiu, jakiego dopuszczał się starosta Mikołaj Komorowski; przypłacił to wielotygodniowym uwięzieniem. Z Czarnego Dunajca pochodził też Stanisław Łętowski, kolejny przywódca górali w buncie przeciw Komorowskiemu, z tej racji nazwany Marszałkiem. On to, wraz z innymi czarnodunajczanami, odegrał jedną z głównych ról w powstaniu Napierskiego w 1651 r., za co w końcu zapłacił własnym życiem [..].

Na Klemensie Miętusie, który potwierdzenie praw do sołtystwa uzyskał jeszcze od wstępującego na tron Władysława IV w 1633 r., kończy się linia Miętusów - sołtysów czarnodunajeckich. Korzystając z możliwości prawnych (konstytucja z 1563 r. dopuszczała wykup sołtystw w królewszczyznach z rąk dotychczasowych użytkowników), starosta Adam Kazanowski w roku 1641 odkupił za 117 grzywien sołtystwo w Czarnym Dunajcu od Klemensa Miętusa i przekształcił je na dworski folwark. W 1669 r. król Michał Korybut, nadał sołtystwo, czyli ów folwark, "urodzonym Teodorowi Sulimie i Janowi Pawęckiemu" - weteranom wojennym. W tym czasie, bo na przełomie lat 1669 i 1670, mieszkańcy Czarnego Dunajca wzięli udział w walkach górali przeciw nadużyciom popełnianym przez przebywającą na odhalu na leżach zimowych chorągiew pancerną starosty Jana Wielkopolskiego.

Ponieważ gospodarka folwarczna nie przyniosła spodziewanych korzyści, dobra dworskie zostały prawie w całości rozsprzedane miejscowym chłopom w 1753 r. Ostatnimi posiadaczami sołtystwa w Czarnym Dunajcu byli Ratułowscy, legitymujący się przywilejem króla Augusta III z roku 1754.